通常聚丙烯酰胺的分子量越大，分子链越长，其絮凝效果越好。聚丙烯酰胺的分子量越大，它在微粒表面的吸附速度加快，降低电表面∮电位的能力也提高。这是由于聚合物链加长后，对微粒作用的范德华力增大，同时所带极性基数目也增多。

    不但聚合物链的长短对性能有影响，链的弯曲程度也对性能发生影响。对于脂肪烃基长链，在链上的各极性基彼此之间由于氢键的作用使分子卷曲成团状，则降低聚丙烯酰胺的作用。与此相反，分子量较小的聚丙烯酰胺，在微粒表面吸附后，因链不太长不但不足以发生桥连作用，而且亲水的或多个带相同符号电荷的极性基团朝向微粒外，使微粒间反而产生斥力不能兼并，也就是发生分散作用，在这种情况下，在一定得范围内，PAM聚合物的相对分子质量越小，分散效果越好。